食用菌菌糠是指食用菌生產出菇后的下腳料，營養豐富，富含菌體蛋白，因此被稱為菌糠蛋白。據測定，菌糠中蛋白質含量達到12%～21%。菌糠再利用不僅能延長食用菌產業鏈條，提高菌糠的利用率，從而提高食用菌生產的效益，而且實現廢物再利用，變廢為寶，形成農業循環經濟，從而凈化生產環境，促進生態農業的發展。我國食用菌菌糠市場價格已達200元/噸，菌糠利用率已達70%～80%。現介紹我國目前食用菌菌糠再利用幾項新技術。
1.開發農作物有機肥再利用新技術 將新鮮食用菌菌糠搗碎，預堆二三天，促使其進一步發酵，然后將菌糠與豬、牛、雞、羊等禽畜糞按1∶4體積比混合，再加入1%～2%的微生物發酵菌劑，堆積發酵，可加速糞便的腐熟(有大量的氨氣排出)，大大縮短了糞便的發酵腐熟時間，與未加菌糠的糞便對比，縮短10天～15天。發酵好后，再通過搗碎、過篩，便成為有機肥，或再經過造粒制成顆粒有機肥。食用菌菌糠有機肥，可培肥地力，促進水稻、果樹、蔬菜、花卉、茶葉等農作物生長，是優質農作物有機肥。
2.開發動物飼料再利用新技術 選取未污染雜菌的食用菌菌糠，堆積發酵三四天，促使進一步發酵腐熟，曬干、搗碎，菌糠與飼料按1∶4體積比混合，即成為食用菌菌糠飼料。食用菌菌糠飼料具有促進動物生長，增加體重，養肥增膘，且適口性較好，可用作牛、豬、雞、魚等動物飼料，該項技術工藝簡單，易掌握，便于應用推廣。
3.菌糠再次種菇技術 草腐型、木腐型兩類食用菌其菌糠中木質素、纖維素利用率不同，因此，種植過草腐型食用菌的菌糠可再利用種植木腐型食用菌，同樣，種植過木腐型的菌糠可再利用種植草腐型食用菌。如種植草菇后的菌糠可用來種植木耳、香菇等，種植金針菇的菌糠可用來種植平菇，種植香菇的菌糠可用來種植平菇，種植杏鮑菇的菌糠更是種植蘑菇的很好原料。注意，菌糠再利用種植其他食用菌，添加量一般在30%以內。
4.再利用養蚯蚓，開發出高蛋白的飼料蛋白 將食用菌菌糠搗碎，與泥土、豬(牛、雞等動物)糞按1∶1∶2的比例或2∶2∶3比例混合，制成養蚯蚓的土床，可有效地提高蚯蚓產量30%～50%。
